Можно обрабатывать при любой положительной температуре. При обработке поликарбоната, старайтесь не попадать на металлический каркас, это может вызвать коррозию металла.
Лучше всего обрабатывать теплицу утром или вечером, когда температура не превышает 25 градусов. Надуксусная кислота отлично справляется с бактериями и грибками, так что обработайте и поликарбонат, и почву.