Скорлупа яиц, конечно,состоит преимущественно из карбоната кальция. Но структура скорлупы не позволяет ей стать хорошим источником кальция ни в год использования, ни через несколько лет - реагирует она с почвенными растворами и подвергается биодеструкции очень медленно.
Поэтому, если Вы хотите использовать только скорлупу в качестве источника кальция - переведите соли кальция в растворимую форму с помощью уксусной кислоты (на 100 г скорлупок - 1 литр 9 % уксуса, полученный раствор разбавить в 10 раз для полива ямок перед посадкой или полива растений).
А если хотите использовать скорлупу в качестве известкового материала - измельчите ее практически до состояния муки, после чего вносите в почву. Что же касается закладки необработанной скорлупы в ямки при посадке тех же томатов, то это просто альтернатива выбрасыванию. Опасность состоит в том, что Вы можете считать, что обогатили почву кальцием и обеспечили растения профилактикой вершинной гнили, но это не так.